Comme toute plante, la canne à sucre a ses ennemis. Elle peut être victime des insectes et des rongeurs, mais aussi des champignons, des bactéries et des virus. Chaque année, ils infligent d'importants dégâts et peuvent même, comme durant la période 1880-93, provoquer un déclin de la production à l'échelle mondiale. Beaucoup d'efforts de recherche sont donc investis pour lutter contre les ennemis de la canne.

La canne se cultive habituellement durant plusieurs années consécutives. Cela génère une importante biomasse, ce qui est propice à la multiplication des insectes. Les larves de foreurs (Diatraea saccharalis, D. impersonatella) creusent des galeries dans les tiges de canne et nuisent grandement à la richesse en sucre. D'autres insectes, comme les nématodes, les vers blancs, les cigales et les termites, s'attaquent aux racines de la plante.

	Larve de Chilo sacchariphagus sur un entre-noeud de canne à sucre. (photo : R. Goebel/CIRAD)

Pour lutter contre ces parasites, plusieurs stratégies ont été élaborées. Il y a, bien sûr, la lutte chimique, avec l'épandage de pesticides. Cependant, de plus en plus, on opte plutôt pour la lutte biologique : il s'agit d'utiliser leurs ennemis naturels. On peut soit recourir à des parasites des insectes, soit à leurs prédateurs (ex. le bandicoot, marsupial insectivore). A la Réunion, par exemple, on étudie l'utilisation de champignons toxiques pour les insectes (ex. Beauveria bassiana, Metarhizium anisopliae) et de parasites (ex. guêpes de type Cotesia) pour combattre les foreurs de la canne et les vers blancs.

Les rats - ou plutôt les surmulots (Rattus norvegicus) - sont aussi de grands amateurs de canne à sucre. Difficiles à combattre, on tente généralement de les éliminer avec des appâts empoisonnés.

On recense plus d'une soixantaine de maladies de la canne. Certaines sont causées par des bactéries (gummose, échaudement), d'autres par des moisissures (charbon, morve rouge) ou encore des virus (mosaïque, maladie de Fidji).