Le processus de distillation produit malheureusement des rejets polluants : la vinasse. La distillation industrielle à partir de mélasse engendre d'importants rejets : de 950 à 1900 kg de rejets par mètre cube d'alcool pur produit. Pour le rhum agricole, les rejets sont de l'ordre de 250 kg par mètre cube d'alcool seulement.

En plus de l'odeur nauséabonde qu'elles dégagent, les vinasses peuvent constituer une source non négligeable de pollution des eaux. Des mesures doivent donc être mises en place pour l'élimination ou le traitement des vinasses. Une méthode relativement simple et économique consiste à utiliser les vinasses pour produire du biogaz. La méthanisation est un processus de fermentation naturelle qui se produit en absence d'oxygène (anaérobie) : au cours d'une succession de réactions chimiques, des bactéries dégradent la matière organique et produisent du méthane. Ce biogaz peut ensuite servir de combustible.